Gli oltre ventimila reperti conservati al Centro Caprense furono raccolti da Ignazio Cerio negli ultimi decenni dell’Ottocento e l’inizio del Novecento durante le sue ricognizioni o frutto di donazioni e scambi con studiosi di tutto il mondo. Dopo la morte del suo fondatore, nel 1921, le collezioni furono riordinate dal naturalista Raffaello Bellini (1874-1930) per volontà del figlio Edwin e spostate dal salone principale (attuale sala conferenze) nelle presenti sale espositive conservate in mobili progettati dallo stesso Edwin Cerio. Un piano di riallestimento delle collezioni archeologiche, naturalistiche, paleontologiche, cominciato alla fine degli anni ’90, ha permesso di incrementare e riorganizzare le collezioni, ponendo maggiormente l’attenzione alle testimonianze legate alla storia dell’isola di Capri. Nel 2000 è stato inaugurato il Museo, organizzato in quattro sale tematiche.